როგორ იკრიბება კონტიგები ხარაჩოებში?

2024 ავტორი: Miles Stephen | [email protected]. ბოლოს შეცვლილი: 2023-12-15 23:37

გენომის პროექტის შექმნისას პირველ რიგში დნმ-ის ინდივიდუალური წაკითხვებია კონტიგებად აწყობილი , რომელიც მათი ბუნებით შეკრება , აქვთ მათ შორის ხარვეზები. შემდეგი ნაბიჯი არის რომ შემდეგ გადალახეთ უფსკრული მათ შორის აგრძელებს შექმენი ხარაჩო . ეს შეიძლება გაკეთდეს ოპტიკური რუკების ან mate-pair თანმიმდევრობის გამოყენებით.

ანალოგიურად, თქვენ შეიძლება იკითხოთ, რა არის კონტიგები და ხარაჩოები?

ა ხარაჩო არის გენომის თანმიმდევრობის ნაწილი, რომელიც აღდგენილია ბოლო თანმიმდევრობით მთლიანი გენომის თოფის კლონებისგან. ხარაჩოები შედგება კონტიგები და ხარვეზები. ა კონტიგ არის გენომიური თანმიმდევრობის მიმდებარე სიგრძე, რომელშიც ფუძეების რიგი ცნობილია მაღალი ნდობის დონეზე. Ზოგიერთ შემთხვევაში, ხარაჩოები შეიძლება გადახურვა.

ასევე, რა არის კონტიგსი ბიოინფორმატიკაში? ა კონტიგ (მიმდებარედან) არის დნმ-ის გადახურვის სეგმენტების ერთობლიობა, რომლებიც ერთად წარმოადგენს დნმ-ის კონსენსუს რეგიონს. კონტიგები ამგვარად, შეიძლება ეხებოდეს როგორც გადახურულ დნმ-ის თანმიმდევრობას, ასევე კლონებში შემავალ ფიზიკურ სეგმენტებს (ფრაგმენტებს) კონტექსტიდან გამომდინარე.

ამასთან დაკავშირებით, როგორ ხდება კონტიგების აწყობა?

დნმ-ის ფრაგმენტების გადაფარვითი დნმ-ის თანმიმდევრობის ნაკრები ცნობილია როგორც a კონტიგ . Contig რუქა არის პროცესი, რომლითაც ხდება კლონების გადახურვა აწყობილი იმ გადახურვის თანმიმდევრობით. ეს გულისხმობს მოწყობას კონტიგები წესრიგისა და ორიენტაციის მიხედვით. კლონი კონტიგები შეიძლება ავტომატურად აწყობილი მათი BAC-ბოლოების მიმდევრობების გამოყენებით.

რატომ არის კონტიგები მნიშვნელოვანი?

Contig შეკრება არის მნიშვნელოვანი ნაბიჯი გენომის შეკრებაში. რუკებისთვის, გადახურვის კლონები იკრიბება, რათა დაალაგოს ეს გადახურვა. თითოეული ფრაგმენტი კლონირებულია ვექტორში და თანმიმდევრობა ორივე ბოლოდან, რათა წარმოიქმნას მიმდევრობის სიგრძე დაახლოებით 600-700 bp. დნმ-ის ფრაგმენტის ორივე ბოლოდან მიმდევრობას წყვილი ბოლო ეწოდება.